استریل کردن به دو روش فیزیکی و شیمیایی تقسیم‌بندی می‌شود. گرمادهی به روش خشک و مرطوب با استفاده از دستگاه‌های آون و اتوکلاو، از روش‌های فیزیکی رایج می‌باشند. آون استریل کردن فیزیکی به روش گرمای خشک و اتوکلاو به روش گرمای مرطوب می‌باشد. در روش خشک دما تا 160-180 درجه‌ی سلسیوس بالارفته و طول دوره‌ی فرایند بیش از دوساعت خواهد بود (دوره شامل گرمادهی و خنک شدن می‌باشد) اما در روش مرطوب دما حدود 121 تا 134 درجه‌ی سلسیوس بوده و مدت گرمادهی هم کم‌تر می‌باشد. در روش حرارت مرطوب به‌دلیل وجود مولکول‌های آب، دما و مدت زمان حرارت دهی کاهش می‌یابد.
به‌دلیل حساسیت مواد و تجهیزات به گرما و رطوبت، روش شیمیایی جایگزین مناسبی برای روش فیزیکی می‌باشد. در این روش، از مواد شیمیایی مانند هیدروژن پراکسید (H2O2)، فرمالدئید و اتیلن اکساید به‌منظور استریلیزاسیون استفاده می‌شود. دو دستگاه H2O2 Generator و Formaldehyde Generator به‌منظور تبخیر این ماده‌ها در محیط و استریل کردن مواد و تجهیزات حساس به گرما و رطوبت بسیار پرکاربرد می‌باشند.
انتخاب روش استریل کردن به نوع ماده و تجهیزات، نوع میکروارگانیسم‌ها و تعداد آن‌ها بستگی دارد.
